1961年3月23日，尊者达赖喇嘛在达兰萨拉重建门孜康。最初的藏医历算学校，是在达兰萨拉的乔普拉众议院和格莱莫农舍两个独立的校园中开始，只有一名医生和十名学生。历算家罗智嘉措和医师叶西东丹，担任了藏医药和天文历算的老师。1967年两校合并成作门孜康，1974年门孜康从麦克劳甘杰转移到现在各科的总部——岗尖基匈。

     目前，门孜康已成为一个完善的机构，总部设立在印度北部的达兰萨拉，拥有700多名员工。门孜康通过文化部和行政管理来监督和组织院内外的各项活动。文化部主要包括：藏医历算学校和制药厂、天文历算科、藏医药研究和出版社、药材研究科、藏药研究与制品厂、临床研究科、达拉克文化中心等；行政部门主要包括：总办公室、会计科、分支管理科、审计科、巴尼巴特藏香厂、药库和销售、人力资源部、德里销售中心、地产管理科、门孜康驻德里联络处等。

在印度和尼泊尔、不丹等国的城市和农村地区共有六十多分院诊所。