藏医对疾病的认识虽与其他的医疗系统有着共同的相似之处，但是在病因、疾病的种类、治疗和医德上都与佛教有紧密的联系，这就是藏医与其他医学截然不同的一点。

病因分远因、近因和具体病因三种。远因是“不明”，即不明诸法无我而产生的烦恼；近因是“贪、瞋、痴”；具体的病因是“隆、赤巴、培根”。三种病因之间的关系是很密切的。首先由不明产生三毒贪、瞋、痴。 随着贪、瞋、痴的增长依次产生三因隆、赤巴、培根。三毒和三因之间互为因果，所以人生病的根本原因就是“不明”引起的贪婪、怒和痴愚扰乱体内“隆、赤巴、培根”三因素的正常生理功能和紊乱物质的平衡而萌芽各种疾病。

     藏医认为有病因而无病之外缘就难以生病，引起病因的外缘有三个：出处、蓄升和外缘。所谓出处，是对疾病的产生和蔓延而言；所谓蓄升，是指疾病潜伏、发作的过程；所谓外缘，是指诱发疾病的外因。一般来讲就是季节（指天气变化）因素、饮食起居、中毒和前世罪孽、以及包括饥饿、失眠、空腹劳动过度、长期营养不良、暴怒和饮食等各种因素。

《四部医典》中对疾病的分类较为特殊。将疾病的分成：病因的分类、依止之处的分类和形态的分类等三种。

按病因的分类包括：今生所生的疾病、前世宿业之故所生的疾病和今生和前世混合所致的疾病等三种。

按照依止之处的分类包括：男子的疾病、妇女的疾病、老年人的疾病、小孩的疾病和共性的疾病等五种。

形态的分类包括：灾害、要点、部位和种类等四种。按疾病的灾害区分：隆、赤巴和培根三大类，共计101种。从疾病的要点区分：本系和旁系两大类，本系和旁系又各分若干型，共计101种。从患病的部位来区分：身心两部的疾病，共计101种。从疾病的种类来区分：内脏病、外疮、发热和零星病，共计101种。总之以上共计有404种疾病。

尽管疾病的种类不计其数，但均可归纳为寒热两大类。隆病和培根病属于寒性病；赤巴病和血病属于热性病。

   疾病侵入人体的途径：一般由表入里，经皮肤→肉→血→骨→五脏六腑。隆、赤巴、培根三类的疾病在人体中并不是始终固定不变的。隆位于骨骼；赤巴位于血液和汗液；培根位于其余的部位。隆、赤巴、培根三者之间是互为依存的关系，如果三者间发生紊乱就会损害身体的元气。

隆病的主要存在部位是消化部位，以及在于髋骨关节、皮肤、耳等器官。赤巴病的主要存在部位是胃部，以及在脐部、血液、汗液、食物的精华、黄水、眼、皮肤等。培根病的主要存在部位是胃部未消化的食物，以及在胸部、喉头、肺部、头部、饮食、精华、肌肉、脂肪、骨髓、大小便、鼻和舌等。

由于疾病和病因相适应的食物精华通过遍行隆的作用，阻塞了体内的孔窍犹如空中浓云密布就要下雨一样。在各自的部位上蓄积起来，然后一定要与外缘相遇，形成疾病；通过皮肤等六条途径，危害人体的健康。