人体内的器官分为五脏六腑。五脏是心、肝、脾、肺和肾；六腑是大肠、小肠、胃、膀胱、胆和三姆休（指男性的精囊，女性的卵巢）。在人体器官的生理和解剖中，对五脏六腑的位置采用比喻的手法生动地说明。如：国王比喻心脏、王后比喻肝脏、大臣比喻肺脏、指出“大臣丧命会导致国王驾崩”（意喻：呼吸终止会导致心脏停搏）。还用饭锅比喻胃脏、水罐比喻膀胱。

关于人体骨骼的数目描述得详细，表明全身共有三百六十块骨骼。肋骨二十四根、牙齿三十二颗、四肢大关节十二个等等。关于神经血管方面，人体内有各种脉络，其中有些是相互连接的，叫联结脉。联结脉分白脉（即神经）和黑脉（即血管）两种，脑为白脉之海，自脑向背髓内伸出一支较粗的命脉，再发出若干分支，分布于五脏六腑及四肢，可感觉和运动。《四部医典》中这样描述：“从脑部脉的海洋里像树根一样向下延伸，司管传导的脉有19条。若白脉受伤，便丧失运动和知觉的功能。黑脉又分动脉和静脉两类，黑脉与心脏相连接。

按人的体质藏医把人的类型分为七种，依次是隆型、赤巴型、培根型、隆赤型、培隆型、培赤型和隆赤培根混合型等七种。

隆型人的特点：身体略弯曲甚至佝偻驼背、消瘦、肤色灰暗、怕冷、话多、易失眠、财运差、喜好唱歌、喜笑、受吵、好斗、性欲旺盛、酷爱武器、玩耍、性格兼有乌鸦和狐狸的特点。身体抗力较差，易患感冒，平时则多喜吃带酸和苦味的食物。
     赤巴型人的特点：容易感到口渴、饥饿、头发发黄，一般体型和身材都属中等，人也聪明，但常表现骄傲，面色多红润、病情多热性，性格兼有虎、猴、猫的特点，喜欢吃甘苦味的食物。

培根型人的特点：身体常发凉，感到虚冷、体格魁梧、肤色白润、性情温和、不爱活动、嗜睡、长寿、多财、性格举止稳重胸有成竹，好比狮子、黄牛、象的特点，喜欢吃酸辛辣的食物。

混合型人的特点主要表现则是两种因素特性的混合，哪种因素偏多，则表现出因素多的特性。从身材方面讲，如：隆赤型的人身材矮小、培隆型的人身体多为中等；培赤型的人身材特别高大等。体型方面可反映人的某些生理特点，另一方面又与疾病的发生有一定关系。比如：隆型人和老年人易患隆病；赤巴型人和青年人易患赤巴病；培根型人和小孩易患培根病。

藏医对人体的形成与现代医学大概是一致的。藏医认为，妇女一般在12岁时来月经，50岁时绝经，每月一次。月经前期容易感到身体疲乏、困倦，面色也憔悴，乳房胀，腰背小腹等处微感不适或疼痛。受孕期间常有强烈的性欲，也会容易受孕。月经后的12天左右都不易受孕。胎儿是由父亲的精与母亲的血二者结合而成的。不论是父精，或是母血，只要一方有隆、赤巴、培根的病，就无法受孕。若精或血的外观粗糙，颜色、粘稠度异常，气味不正等，都不会受孕怀胎，以及需要正常的五源条件。（所谓的五源是指土、水、火、风、空。）

在胚胎发育的过程中，胚胎需要经历鱼期、龟期及猪期等三个阶段。胎儿的发育成熟则全靠母亲的营养物质通过脐带供养胎儿。用比喻的方式将母亲、脐带与胎儿的关系如水塘、水渠与庄稼的关系。母亲好比水塘，脐带好比水渠，胎儿好比庄稼，水塘中的水通过水渠，滋润着庄稼，使之发育生长。胎儿从形成到成熟分娩，需要38周的时间，关于妊娠的早期反应、怀孕后应当注意的事项及分娩的征兆等论述得详细准确。