藏药理论认为，药物的生长、性、味、效与五源即水、土、火、风、空有着密切的关系。药物的性、味和效是临床用药的理论基础。

药物的生长来源于五源。其中，土为药物生长的本源，水为药物生长的汁液，火为药物生长的热源，气为药物生长的动力，空为药物生长的空间。五源缺一，药物则无生机。这一理论阐明了药物生长与自然环境的辩证关系，即生态环境对植物生长的特殊性。还有药物的性、味、效亦源于五源，土与水结合生出甘味，火与土结合生成酸味，水与火结合生出咸味，水与风结合生出苦味，火与风结合生出辛味，土与风结合生出涩味。这就产生了药物的六味。

  药物具有八种性能，即重、润、凉、热、轻、糙、锐、钝八性。重、钝两者能医治隆病和赤巴病；轻、糙、热、锐能医治培根病；重、润、凉、钝四者能诱发培根病。药物和疾病也归为寒、热两大类，临床依据对治疗原则是热性病以寒性药物治之，寒性病以热性药物治之，寒热并存之病则寒热药兼用。寒与热，轻与重，锐与钝，润与糙是相互对立而又相互制约的矛盾统一体。以及药物有柔、重、热、润、稳、寒、钝、凉、软、稀、干、燥、温、轻、锐、糙、动等十七种效能。

  土性药其性重、稳、钝、柔、润、干，能使身体坚实，主要医治隆病；水性药其性稀、凉、重、鈍、润、软，能滋润身体，主要医治赤巴病；火性药其性辛、锐、干、糙、轻、润、动，能生火热，主要医治培根病；风性药物性轻、动、寒、糙、燥、干，能使身体坚实，精气通行，主要医治培根病和赤巴病；空性药物统帅其它四种药物，遍行全身，主要治疗综合性疾病。火性药和风性药是上行药，土性药和水性药是下行药物。

舌对药物的感觉就是味。药味有甘、酸、咸、苦、辛和涩六种。甘味药物特别适宜身体的需要，能增长体力及补气，对老人小孩有补益作用。对治疗消瘦、气管炎、肺病有效，能使身体的肌肉丰满、愈合创伤、焕发容颜、五官灵敏、延年益寿。对中毒症、隆病、赤巴病都有疗效。若甘味药物服用过量则会导致培根病、肥胖症、消化能力下降、遗尿症、甲状腺肿大等病症的发生。

酸味药能生胃火，增长消化能力，使油脂糜烂稀释，还能顺气。但服用过量则会产生血病、赤巴病、使肌肉松弛、视力昏花、头晕、水肿、肿胀，发生丹毒、疥癣和皮疹等。

咸味药能使身体坚实，有疏通作用，能治闭塞梗阻症，用以热罨则产生胃火，有健胃作用；若服用过量则会产生头发脱落及变白、面部皱纹增多、体力减弱，也能诱发麻木、丹毒、血病和赤巴病等疾病。

苦味药能开胃、驱虫、止渴、解毒，能医治麻风、眩晕、瘟疫、赤巴病等，有收敛作用，能使溃烂、大小便干燥，使心智敏锐，能治乳房炎症、声音嘶哑等疾病。若服用过量则会诱发体力减弱、隆病和培根病等。

辛味药物能治下颌病、喉痈、水肿等病，也能愈合创伤，增加体温、开胃助消化、去腐生机和疏通脉管等。若服用过量时则会损耗精液和体力，发生抽搐、颤抖、昏眩和腰背疼痛等。

涩味药物能医治血病、赤巴病、脂肪增多症，祛腐生肌、愈合伤口，使皮肤滋润光泽。若服用过量时则会产生胃液淤积、便秘、腹胀、心脏病、消瘦和肛门梗塞等。

藏医认为药物服用后与胃火相遇时，甘味、咸味被消化成甘味；酸味处于中和消化后仍为酸味；苦、辛、涩味消化成苦味。消化后的每一种药味能医治隆赤培根中的两种疾病，这就是藏医的“三化味”理论。

藏药的分类主要不是依性味、化味、功效来分，而是依生态来分为十三类，即珍宝类药物、石类药物、土类药物、汁液精华类药物、树类药物、湿生草类药物、旱生类药物、盐碱类药物、动物类药物、作物类药物、水类药物、火类药物、加工炮制类药物等。

藏药在临床应用复方甚多，单味药很少。藏医组方讲究君、臣、佐、使的配伍，君药是方中主药，臣药方中主药之臂，佐、使则是根据主导药的味、性、效配伍。另外，藏医强调，用药时必须根据病的属性决定其药的味、性、效来组方。味是主导，性、效是对治关系即因果关系。病有其性，药亦有其性，同性治之（寒性病用寒性药）必遭其祸，对性治之（寒性病用热性药治之）必得其愈。在藏医理论中，异性对治是首要原则。同理，温与凉，润与糙，稳与动，轻与重等均是互为对治的。

因此，配方制剂时，全面考虑药物的味、功效和三化味等把药味起作用的药物加在一起，功效起作用的药味加在一起，消化后变化作用的药物加在一起配制各种所需的药物。